Em março de 1938 o Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional tomba o Conjunto Arquitetônico e Urbanístico de São João Del-Rei, de forma global, o que incluía o casarão construído, em 1859, pelo Comendador João Antônio da Silva Mourão, no Largo do Tamandaré.
Já em 1943, o engenheiro Francisco Salomé de Oliveira consulta a DPHAN em nome de Maria Resende Mafra – então proprietárias do Sobrado do Tamandaré, também conhecido como Casarão do Comendador – com o intuito de saber se poderiam demoli-la e construir outro prédio em seu lugar. O DPHAN respondeu aos proprietários que a casa não poderia ser demolida, mas que indicaria e colaboraria com as reformas necessárias da casa. Com isso, um projeto para reforma da casa com modificações internas, foi enviado ao DPHAN, pretendendo transformar a casa em hotel.
Tanto a imprensa quanto a administração municipal se opuseram ao tombamento da casa. Durante esse período, as divergências se intensificaram entre a DPHAN, os proprietários da casa e a Prefeitura, gerando uma sucessão de desentendimentos e impasses. Os proprietários se utilizaram de influências políticas para impedir o tombamento do prédio e tomaram uma série de atitudes, inclusive cedendo a casa para abrigo de leprosos para impedir a ação da DPHAN. A prefeitura da cidade, aliada aos interesses dos proprietários, dificultava a situação, omitindo e negando informações sobre a questão da venda e progressiva destruição da casa. Em 1946 a Companhia Interestadual de Melhoramentos e Obras S.A. (CIMOSA) comprou a casa com a intenção de demoli-la para a construção de um hotel e um terminal rodoviário no jardim da praça, em frente à casa. A demolição foi iniciada no mesmo ano. Enquanto isso, os jornais de São João Del-Rei travam um intenso debate sobre a demolição e tombamento da casa, apoiando sua derrubada em nome do progresso e também por considerá-la sem valor histórico e artístico.
No lugar do sobrado, a CIMOSA pretendia construir um prédio de 12 andares,contrariando totalmente o SPHAN, que acreditava que tal projeto mudaria toda a imagem da cidade, concedendo-lhe não apenas outro “sky-line”, mas também outra significação.
Enquanto prosseguia a campanha de imprensa na cidade contra o SPHAN, em junho de 1946, a bancada udenista de Minas Gerais (Gabriel Passos, José Bonifácio, Monteiro de Castro, Lopes Cançado, Milton Campos, Magalhães Pinto e Licurgo Leite Filho) encaminhou à Assembleia Nacional Constituinte um requerimento para que o Ministério da Educação fundasse na cidade um museu histórico. O Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional seria o responsável pela tarefa.
A reação local foi violenta. Enquanto aceitavam a iniciativa do museu, repudiavam a sua localização. Segundo a imprensa sanjoanense, a população desejava ver um “moderno e majestoso hotel” na cidade ao invés de um museu no local onde “outrora existiu um velho casarão, hoje reduzido a escombros” (O Correio, 1946). O periódico citado sugeria ainda que a cidade “felizmente” teria muitos outros velhos solares a oferecer para sediar um museu. Finalmente conclui que a reconstituição da construção se trataria de um “mero capricho”.
A confrontação não tinha limites. Além de lançarem mão de sua influência política e da imprensa, a CIMOSA iniciou a demolição a partir do interior, roendo as entranhas da edificação, reduzindo-a quase a uma casca.
O SPHAN, enfim, decide pelo tombamento do prédio e envia uma solicitação ao Ministério da Educação e Saúde pedindo a compra ou desapropriação do imóvel. A CIMOSA aceita vender o casarão, porém exigindo um alto preço. Ao final, tal artimanha não obteve êxito e o SPHAN conseguiu a desapropriação, embora sob protestos das partes envolvidas.
O caso foi levado ao Supremo Tribunal, que entendeu que não devia entrar no mérito de um assunto que a seu ver era eminentemente técnico. Então, Afonso Arinos, na qualidade de técnico do órgão, foi chamado para emitir sua opinião sobre o conflito. Segundo ele, cabe aos povos desenvolver uma “consciência nacional”, necessária para resistir à “marcha do tempo”. Prosseguiu em uma dura crítica aos envolvidos (CIMOSA, Proprietários, Prefeitura, Agentes políticos e imprensa local) que, em suma, começava pelo prefeito municipal com sua compreensão limitada do que consideraria como progresso, dando apoio a “capitalistas” que nada mais ambicionavam do que o lucro que obteriam com sua empreitada, desconsiderando e desrespeitando as leis e a jurisprudência do Supremo. Afirmou que tal aliança empreendeu uma campanha de imprensa “não longe terrorista”, agitando a população, que em sua maioria possuíam uma opinião baseadas em informações contra o SPHAN, por meio de conteúdos altamente tendenciosos. Finalizando seu veredito a favor do SPHAN afirmando que seus opositores travaram uma tentativa de burlar e fraudar as leis vigentes, ele vota pela manutenção do tombamento.
Em outubro de 1947, o Presidente da República Eurico Gaspar Dutra finalmente determina a desapropriação do Casarão do Comendador por utilidade pública. Com a situação de emergência, o SPHAN pôde finalmente dar início à reforma do imóvel, a qual se estendeu até 1954.
Entre 1952 e 1958, dá-se início a aquisição das peças e organização do acervo, quando finalmente o museu abriu para a visitação pública, em 1963.