Debates e iniciativas para implementação de práticas positivas ao meio ambiente tornam-se cada vez mais necessárias e o Museu Regional de São João del-Rei é pioneiro no Brasil a participar do projeto que quer saber: Como devem agir as instituições e de que forma é possível reduzir ao máximo seus danos ecológicos? Essa questão tem levado o projeto desenvolvido pelo Instituto Íbero Americano de Museus (IBERMuseus) à análise das instituições museológicas como possíveis promotores de desenvolvimento sustentável.

O Museu Regional de São João del-Rei recebe com privilégio o convite para representar o Brasil no estudo da aplicação de políticas de desenvolvimento sustentável em instituições e processos museais. O projeto piloto Sustentabilidade de museus: inovando práticas e contribuindo para o futuro, reconhece as funções sociais destas instituições como espaços disseminadores de valores e saberes da coletividade, numa iniciativa que se dá através de um guia de auto avaliação em sustentabilidade.

O projeto Ibermuseus tem como objetivo favorecer a integração regional e desenvolvimento social e sustentável dos museus que compõem a região Ibero-Americana. Os museus Ibero-Americanos são aqueles da Península Ibérica na Europa (Portugal e Espanha), mais os países de língua espanhola e portuguesa nas Américas. Atualmente, o Programa Ibermuseus inclui 11 países-membros do Conselho Intergovernamental: Argentina, Brasil, Chile, Colômbia, Costa Rica, Equador, Espanha, México, Peru, Portugal e Uruguai.

Além do Museu Regional de São João del-Rei, outras duas instituições participam da iniciativa. O Vilamuseu, localizado em La Vila Joiosa, na Espanha, e o Museo Nacional Chavín, localizado no Peru.

De acordo com a diretora Eliane Zanatta, esta iniciativa torna o Museu Regional importante colaborador na elaboração de políticas museológicas mais sustentáveis, além de possibilitar intercâmbios culturais entre as instituições, incluindo parcerias futuras.